Попытка установить зависимости используя npm install в vagrant окружении скорее всего вызовет ошибки, которые в нормальных условиях не воспроизводятся.
Проблема заключается в том, что при установке зависимостей, содержимое директории node_modules синхронизируется между основной и виртуальной машинами что может создать ошибки разного рода.
Решением является использование bind для директории node_modules.
Предполагается, что запуск виртуальной машины использует скрипт и что исходные файлы проекта находятся в директории /www.
sudo -u vagrant mkdir /home/vagrant/node_modules
sudo -u vagrant mkdir /www/node_modules
mount --bind /home/vagrant/node_modules /www/node_modules